Le FC Châtonnaye Middes est né de la fusion du FC Châtonnaye et du FC Middes en 2000. A près plusieurs années de discussions les 2 clubs ont trouvé la meilleure solution pour assurer la pérénité des activités du football dans notre région.

Le FC Châtonnaye avait été fondé en 1956 et le FC Middes en 1968. A l'origine le FC Châtonnaye était le seul club de la région avec de nombreux joueurs de Middes et Torny. En 1968 une partie de ces joueurs avaient alors décidé de créer un club à Middes.